Андрей Головнёв получил Государственную премию РФ в области науки и технологий за 2019 г.
18 июня 2020 г. Владимир Путин подписал указ о присуждении Государственной премии РФ в области науки и технологий за 2019 г. директору МАЭ РАН, члену-корреспонденту РАН, доктору исторических наук Андрею Владимировичу Головнёву «за вклад в изучение культурного наследия народов Арктики».